view in publisher's site

Copy number changes of clinically actionable genes in melanoma, non‐small cell lung cancer and colorectal cancer—A survey across 822 routine diagnostic cases

Abstract Targeted deep massive parallel sequencing has been implemented in routine molecular diagnostics for high‐throughput genetic profiling of formalin‐fixed paraffin‐embedded (FFPE) cancer samples. This approach is widely used to interrogate simple somatic mutations but experience with the analysis of copy number variations (CNV) is limited. Here, we retrospectively analyzed CNV in 822 cancer cases (135 melanoma, 468 non‐small cell lung cancers (NSCLC), 219 colorectal cancers (CRC)). We observed a decreasing frequency of CNV in clinically actionable genes from melanoma to NSCLC to CRC. The overall cohort displayed 168 (20%) amplifications in 17 druggable targets. The majority of BRAF mutant melanomas (54%) showed co‐occurring CNV in other genes, mainly affecting CDKN2A. Subsets showed clustered deletions in ABL1, NOTCH1, RET or STK11, GNA11, and JAK3. Most NRAS mutant melanomas (49%) harbored CNVs in other genes with CDKN2A and FGFR3 being most frequently affected. Five BRAF/NRASwt tumors had co‐amplifications of KDR, KIT, PDGFRA and another six mutated KIT. Among all NSCLC, we identified 14 EGFRamp (with ten EGFRmut) and eight KRASamp (with seven KRASmut). KRASmut tumors displayed frequent amplifications of MYC (n = 10) and MDM2 (n = 5). Fifteen KRAS/EGFR/BRAFwt tumors had MET mutations/amplifications. In CRC, amplified IGF2 was most prevalent (n = 13) followed by MYC (n = 9). Two cases showed amplified KRAS wildtype alleles. Two of the KRASmut cases harbored amplifications of NRAS and three KRASwt cases amplification of EGFR. In conclusion, we demonstrate that our approach i) facilitates detection of CNV, ii) enables detection of known CNV patterns, and iii) uncovers new CNV of clinically actionable genes in FFPE tissue samples across cancers. © 2016 Wiley Periodicals, Inc.

تغییرات عددی ژن‌های قابل اقدام بالینی در melanoma، سرطان ریه و سرطان روده بزرگ و سرطان روده بزرگ - یک نظرسنجی در بین ۸۲۲ پرونده تشخیصی معمولی

چکیده هدف از این کار، تعیین توالی موازی مفصل و عمیقی است که در تشخیص مولکولی روتین برای profiling ژنتیکی دارای توان عملیاتی بالا - ثابت of - embedded (FFPE)مورد استفاده قرار گرفته‌است. این رویکرد به طور گسترده برای کشف جهش‌های ساده جسمی و فیزیکی مورد استفاده قرار می‌گیرد، اما تجربه با تجزیه و تحلیل انواع نسخه‌های کپی (CNV)محدود است. در اینجا، ما CNV در ۸۲۲ پرونده سرطان (۱۳۵ melanoma، ۴۶۸ نوع سرطان ریه غیر کوچک (NSCLC)، ۲۱۹ سرطان روده بزرگ (CRC)را بررسی کردیم. ما شاهد کاهش تعداد CNV در ژن‌های قابل اقدام بالینی از melanoma تا NSCLC تا CRC بودیم. گروه کلی ۱۶۸ (۲۰ %)amplifications را در ۱۷ هدف druggable نمایش دادند. اکثر of جهش‌یافته BRAF (۵۴ %)CNV در ژن‌های دیگر را نشان دادند که عمدتا بر CDKN۲A اثر می‌گذارند. Subsets به صورت خوشه‌ای در ABL۱، NOTCH۱، RET، STK۱۱، GNA۱۱ و JAK۳ نشان داده شد. اکثر mutant NRAS (۴۹ %)CNVs در ژن‌های دیگر با CDKN۲A و FGFR۳ بودند که اغلب تحت‌تاثیر قرار می‌گرفتند. پنج تومور BRAF / NRASwt با amplifications، KIT، PDGFRA و شش tumors دیگر تغییر یافته بودند. ما در میان همه NSCLC ۱۴ EGFRamp (با ۱۰ EGFRmut)و هشت KRASamp (با هفت KRASmut)را شناسایی کردیم. تومورهای KRASmut amplifications مکرر of (n = ۱۰)و MDM۲ (n = ۵)را نشان می‌دهند. پانزده KRAS / EGFR / BRAFwt، جهش‌های mutations / amplifications را ملاقات کرده بودند. در CRC، تقویت IGF۲ بیشتر رایج بود (n = ۱۳)و پس از آن MYC (n = ۹)دنبال شد. دو مورد alleles KRAS wildtype را نشان دادند. دو مورد از این موارد amplifications amplifications از NRAS و سه مورد KRASwt amplification of EGFR هستند. در نتیجه، ما نشان می‌دهیم که رویکرد ما شناسایی of، ۲)را قادر می‌سازد که الگوهای CNV شناخته‌شده را شناسایی کند، و ج)CNV جدید از ژن‌های قابل اقدام بالینی را در نمونه‌های بافت FFPE در سراسر سرطان‌ها آشکار می‌کند. © ۲۰۱۶ ویلی Periodicals، شرکت Inc.
ترجمه شده با

Download PDF سفارش ترجمه این مقاله این مقاله را خودتان با کمک ترجمه کنید
سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

95/12/18 - با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس و کروم٬ چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.