view in publisher's site

CHARMM: The biomolecular simulation program

Abstract CHARMM (Chemistry at HARvard Molecular Mechanics) is a highly versatile and widely used molecular simulation program. It has been developed over the last three decades with a primary focus on molecules of biological interest, including proteins, peptides, lipids, nucleic acids, carbohydrates, and small molecule ligands, as they occur in solution, crystals, and membrane environments. For the study of such systems, the program provides a large suite of computational tools that include numerous conformational and path sampling methods, free energy estimators, molecular minimization, dynamics, and analysis techniques, and model‐building capabilities. The CHARMM program is applicable to problems involving a much broader class of many‐particle systems. Calculations with CHARMM can be performed using a number of different energy functions and models, from mixed quantum mechanical‐molecular mechanical force fields, to all‐atom classical potential energy functions with explicit solvent and various boundary conditions, to implicit solvent and membrane models. The program has been ported to numerous platforms in both serial and parallel architectures. This article provides an overview of the program as it exists today with an emphasis on developments since the publication of the original CHARMM article in 1983. © 2009 Wiley Periodicals, Inc.J Comput Chem, 2009.

CHARMM: برنامه شبیه‌سازی biomolecular

چکیده CHARMM (شیمی در harvard مکانیک مولکولی)یک برنامه شبیه‌سازی مولکولی بسیار متنوع و فراگیر است. آن در سه دهه گذشته با تمرکز اولیه بر روی مولکول‌های مورد علاقه زیستی، از جمله پروتیین‌ها، پپتید، لیپیدها، اسیده‌ای نوکلییک، کربو هیدرات‌ها و مولکول‌های کوچک مولکول، که در محلول، کریستال‌ها و محیط‌های غشا رخ می‌دهند، توسعه‌یافته است. برای مطالعه این سیستم‌ها، این برنامه مجموعه بزرگی از ابزارهای محاسباتی ارایه می‌دهد که شامل روش‌های نمونه‌گیری مسیر و conformational متعدد، برآورد کننده‌های انرژی آزاد، کمینه‌سازی مولکولی، دینامیک مولکولی، و تکنیک‌های تحلیل و ساخت مدل است. برنامه CHARMM برای مشکلات مربوط به یک کلاس بسیار وسیع‌تر از سیستم‌های چند ذره قابل‌اجرا می‌باشد. محاسبات با CHARMM را می توان با استفاده از تعدادی از توابع و مدل‌های مختلف انرژی، از میدان های نیروی مکانیکی مکانیک کوانتومی ترکیبی با حلال صریح و شرایط مرزی مختلف، تا حلال ضمنی و مدل‌های غشا انجام داد. این برنامه به سکوهای متعدد در هر دو معماری سریال و موازی منتقل شده‌است. این مقاله یک مرور کلی از برنامه را ارایه می‌دهد که امروزه با تاکید بر تحولات از زمان انتشار مقاله اصلی CHARMM در ۱۹۸۳ وجود دارد. سال ۲۰۰۹ - ویلی Periodicals (Inc.) Chem J، ۲۰۰۹.
ترجمه شده با


پر ارجاع‌ترین مقالات مرتبط:

  • مقاله Computational Mathematics
  • ترجمه مقاله Computational Mathematics
  • مقاله ریاضیات محاسباتی
  • ترجمه مقاله ریاضیات محاسباتی
  • مقاله General Chemistry
  • ترجمه مقاله General Chemistry
  • مقاله شیمی عمومی
  • ترجمه مقاله شیمی عمومی
سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

95/12/18 - با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس و کروم٬ چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.