view in publisher's site

Approaches to Whole-Genome Methylome Analysis in Plants

Cytosine methylation as a reversible chromatin mark has been investigated extensively for its influence on gene silencing and the regulation of its dynamic association–disassociation at specific sites within a eukaryotic genome. With the remarkable reductions in cost and time associated with whole-genome DNA sequence analysis, coupled with the high fidelity of bisulfite-treated DNA sequencing, single nucleotide resolution of cytosine methylation repatterning within even very large genomes is increasingly achievable. What remains a challenge is the analysis of genome-wide methylome datasets and, consequently, a clear understanding of the overall influence of methylation repatterning on gene expression or vice versa. Reported data have sometimes been subject to stringent data filtering methods that can serve to skew downstream biological interpretation. These complications derive from methylome analysis procedures that vary widely in method and parameter setting. DNA methylation as a chromatin feature that influences DNA stability can be dynamic and rapidly responsive to environmental change. Consequently, methods to discriminate background “noise” of the system from biological signal in response to specific perturbation is essential in some types of experiments. We describe numerous aspects of whole-genome bisulfite sequence data that must be contemplated as well as the various steps of methylome data analysis which impact the biological interpretation of the final output.

رویکردهای آنالیز کلی - ژنومه در گیاهان

متیلاسیون سیتوزین به عنوان یک علامت کروماتین قابل‌برگشت به طور گسترده برای تاثیر آن بر خاموشی ژن و تنظیم ارتباط پویا - عدم ارتباط در مکان‌های خاص درون ژنوم یوکاریوتی مورد بررسی قرار گرفته‌است. با کاهش قابل‌توجه در هزینه و زمان مرتبط با آنالیز توالی DNA کل ژنوم، همراه با وفاداری بالای توالی DNA تیمار شده با بی سولفیت، تفکیک تک نوکلیوتیدی متیلاسیون سیتوزین حتی در ژنوم‌های بسیار بزرگ به طور فزاینده‌ای قابل‌دستیابی است. آنچه که به عنوان یک چالش باقی می‌ماند، تجزیه و تحلیل مجموعه داده‌های متیل ژنوم و در نتیجه درک روشنی از تاثیر کلی بازطراحی متیلاسیون بر روی بیان ژن یا بالعکس است. داده‌های گزارش‌شده گاهی اوقات در معرض روش‌های فیلترینگ داده دقیق قرار می‌گیرند که می‌توانند به انحراف تفسیر بیولوژیکی پایین‌دست کمک کنند. این پیچیدگی‌ها از روش‌های تجزیه و تحلیل متیل مه ناشی می‌شوند که در روش و تنظیم پارامترها بسیار متفاوت هستند. متیلاسیون DNA به عنوان یک ویژگی کروماتین که ثبات DNA را تحت‌تاثیر قرار می‌دهد، می‌تواند پویا باشد و به سرعت به تغییرات محیطی پاسخ دهد. در نتیجه، روش‌های تشخیص "نویز" پس‌زمینه سیستم از سیگنال بیولوژیکی در پاسخ به اغتشاش خاص در برخی از انواع آزمایش‌ها ضروری است. ما جنبه‌های زیادی از داده‌های توالی بی سولفیت کل ژنوم را توصیف می‌کنیم که باید همانند مراحل مختلف تجزیه و تحلیل داده‌های متیل مه در نظر گرفته شوند که بر تفسیر بیولوژیکی خروجی نهایی تاثیر می‌گذارند.
ترجمه شده با

سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.