view in publisher's site

Characterization and distribution of CRISPR–Cas systems in Lactobacillus sakei

Clustered regularly interspaced palindromic repeats (CRISPR)–Cas (CRISPR-associated) structures, known as prokaryotes ‘immune system’, have been successfully applied for genetic engineering and genotyping purposes for a variety of microorganisms. Here we investigated 50 Lactobacillus (L.) sakei genomes and found 13 of them as CRISPR–Cas positive. The majority of positive genomes contain type II-A system, which appears to be widespread across food born lactic acid bacteria. However, a type II-C system with low similarity in Cas protein sequence to related II-C structures is rarely present in the genomes. We depicted a correlation between prophages integrated in the genomes and the presence/absence of CRISPR–Cas systems and identified the novel protospacer adjunction motifs (PAMs) (a/g)AAA for the II-A and (g/a)(c/t)AC for the II-C system including the corresponding tracrRNAs, creating the basis for the development of new Cas-mediated genome editing tools. Moreover, we performed a PCR screening for 81 selected L. sakei isolates and identified 25 (31%) isolates as CRISPR–Cas positive with hypervariable spacer content. Comparative sequence analysis of 33 repeat-spacer arrays resulted in 18 CRISPR genotypes, revealing insights into evolutionary relationships between different strains and illustrating possible applications for the research and development of starter cultures, e.g., the usage for strain differentiation in assertiveness experiments or the development of bacteriophage-resistant strains.

توصیف و توزیع of Cas در < تاکید نوع = "ایتالیک" > Lactobacillus sakei / تاکید >

Clustered به طور منظم interspaced palindromic (CRISPR)- Cas (وابسته به CRISPR)که به عنوان سیستم ایمنی prokaryotes شناخته می‌شود، به طور موفقیت‌آمیز برای اهداف مهندسی ژنتیک و اهداف genotyping برای انواعی از میکرو ارگانیسم‌ها استفاده شده‌است. در اینجا ما ۵۰ گونه از ژنوم sakei را مورد بررسی قرار دادیم و ۱۳ مورد از آن‌ها را به عنوان CRISPR - یافت کردیم. اکثر ژنوم مثبت حاوی نوع ۲ - A هستند که به نظر می‌رسد در سراسر مواد غذایی باکتری اسید لاکتیک رواج پیدا کرده‌است. با این حال، یک سیستم نوع II - C با شباهت کم در دنباله پروتیینی مرتبط با سازه‌های H - C به ندرت در ژنوم حضور دارد. ما همبستگی بین prophages را در ژنوم و حضور / عدم وجود of - نشان دادیم و ساختار جدید protospacer adjunction را برای سیستم II - C و (g / t)برای سیستم II - C از جمله the متناظر، ایجاد کردیم که اساس توسعه ابزارهای ویرایش ژنوم new را ایجاد می‌کند. علاوه بر این، ما یک غربالگری PCR برای ۸۱ بازیکن منتخب را انجام دادیم. sakei ایزوله شده و ۲۵ (۳۱ %)جدا شد. آنالیز متوالی توالی ۳۳ تکرار تکرار شونده منتج به ۱۸ CRISPR genotypes، آشکار کردن بینش‌هایی در روابط تکاملی بین گونه‌های مختلف و نشان دادن کاربردهای احتمالی برای تحقیق و توسعه فرهنگ‌های آغازگر، به عنوان مثال، استفاده از تمایز کرنش در آزمایش‌ها مشارکتی و یا توسعه گونه‌های مقاوم در برابر bacteriophage.
ترجمه شده با


پر ارجاع‌ترین مقالات مرتبط:

  • مقاله General Medicine
  • ترجمه مقاله General Medicine
  • مقاله طب عمومی
  • ترجمه مقاله طب عمومی
  • مقاله Microbiology
  • ترجمه مقاله Microbiology
  • مقاله میکروبیولوژی
  • ترجمه مقاله میکروبیولوژی
  • مقاله Molecular Biology
  • ترجمه مقاله Molecular Biology
  • مقاله زیست‌شناسی مولکولی
  • ترجمه مقاله زیست‌شناسی مولکولی
  • مقاله Biochemistry
  • ترجمه مقاله Biochemistry
  • مقاله بیوشیمی
  • ترجمه مقاله بیوشیمی
  • مقاله Genetics
  • ترجمه مقاله Genetics
  • مقاله ژنتیک
  • ترجمه مقاله ژنتیک
سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.