view in publisher's site

Host-Viral Infection Maps Reveal Signatures of Severe COVID-19 Patients

Highlights•Viral-Track: a computational framework to analyze host-viral infection maps•Viral-Track sorts infected from bystander cells and reveals virus-induced expression•SARS-CoV-2 infects epithelial cells and alters immune landscape in severe patients•Co-infection of SARS-Cov-2 and hMPV affects monocytes and dampens interferon responseSummaryViruses are a constant threat to global health as highlighted by the current COVID-19 pandemic. Currently, lack of data underlying how the human host interacts with viruses, including the SARS-CoV-2 virus, limits effective therapeutic intervention. We introduce Viral-Track, a computational method that globally scans unmapped single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data for the presence of viral RNA, enabling transcriptional cell sorting of infected versus bystander cells. We demonstrate the sensitivity and specificity of Viral-Track to systematically detect viruses from multiple models of infection, including hepatitis B virus, in an unsupervised manner. Applying Viral-Track to bronchoalveloar-lavage samples from severe and mild COVID-19 patients reveals a dramatic impact of the virus on the immune system of severe patients compared to mild cases. Viral-Track detects an unexpected co-infection of the human metapneumovirus, present mainly in monocytes perturbed in type-I interferon (IFN)-signaling. Viral-Track provides a robust technology for dissecting the mechanisms of viral-infection and pathology.Graphical AbstractDownload : Download high-res image (217KB)Download : Download full-size image

پیام‌های عفونت ویروسی میزبان امضاهای جدیدی از بیماری COVID۱۹ را آشکار می‌کند.

نقاط برجسته - مسیر ویروسی: یک چارچوب محاسباتی برای تحلیل نقشه‌های عفونت ویروسی - میزبان - انواع ویروسی - ویروسی آلوده از سلول‌های مجاور را آلوده می‌کند و بیان ناشی از ویروس * SARS - CoV - ۲ سلول‌های اپیتلیال را آلوده می‌کند و چشم‌انداز ایمنی را در بیماران شدید تغییر می‌دهد. عفونت همزمان SARS - Cov - ۲ و hMPV بر مونوسیت ها و پاسخ دهندگان به اینترفرون، یک تهدید دائمی برای سلامتی جهانی است که توسط CO۱۹ برجسته شده‌است. در حال حاضر، فقدان اطلاعات زیربنایی در مورد چگونگی تعامل میزبان انسانی با ویروس‌ها، از جمله ویروس SARS - CoV - ۲، مداخله درمانی موثر را محدود می‌کند. ما مسیر ویروسی را معرفی می‌کنیم، یک روش محاسباتی که در سطح جهانی، داده‌های توالی RNA تک‌سلولی (scRNA - seq)را برای حضور RNA ویروسی اسکن می‌کند، که جداسازی سلول نسخه‌برداری از سلول‌های عفونی در مقابل سلول‌های ناظر را ممکن می‌سازد. ما حساسیت و ویژگی مسیر ویروسی را برای شناسایی سیستماتیک ویروس‌ها از مدل‌های متعدد عفونت، از جمله ویروس هپاتیت بی، به شیوه‌ای بدون نظارت نشان می‌دهیم. کاربرد مسیر ویروسی به نمونه‌های شستشوی برونکوسل از بیماران COVID۱۹ شدید و ملایم، تاثیر چشمگیر ویروس بر سیستم ایمنی بیماران شدید در مقایسه با موارد خفیف را نشان می‌دهد. مسیر ویروسی یک عفونت مشترک غیر منتظره از ویروس متانوموویروس انسانی را تشخیص می‌دهد که عمدتا در منوسیت‌های آشفته در سیگنال دهی اینترفرون نوع ۱ (IFN)وجود دارد. مسیر ویروسی یک تکنولوژی قوی برای تشریح مکانیسم‌های عفونت ویروسی و آسیب‌شناسی فراهم می‌کند. دانلود مفهومی: دانلود تصویر با ارتفاع بالا (۲۱۷ کیلوبایت)دانلود: دانلود تصویر با اندازه کامل
ترجمه شده با


پر ارجاع‌ترین مقالات مرتبط:

  • مقاله General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
  • ترجمه مقاله General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
  • مقاله بیوشیمی، ژنتیک و زیست‌شناسی مولکولی عمومی
  • ترجمه مقاله بیوشیمی، ژنتیک و زیست‌شناسی مولکولی عمومی
سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.