view in publisher's site

Genetic diagnosis of autoinflammatory disease patients using clinical exome sequencing

Highlights•The clinical exome is a suitable tool for the genetic diagnoses of autoinflammatory diseases.•Genetic variants acting as susceptibility factors triggering the disease can be identified with the clinical exome approach.•Targeted sequencing at high depth allows to detect somatic genetic variation.AbstractAutoinflammatory diseases comprise a wide range of syndromes caused by dysregulation of the innate immune response. They are difficult to diagnose due to their phenotypic heterogeneity and variable expressivity. Thus, the genetic origin of the disease remains undetermined for an important proportion of patients. We aim to identify causal genetic variants in patients with suspected autoinflammatory disease and to test the advantages and limitations of the clinical exome gene panels for molecular diagnosis. Twenty-two unrelated patients with clinical features of autoinflammatory diseases were analyzed using clinical exome sequencing (~4800 genes), followed by bioinformatic analyses to detect likely pathogenic variants. By integrating genetic and clinical information, we found a likely causative heterozygous genetic variant in NFKBIA (p.D31N) in a North-African patient with a clinical picture resembling the deficiency of interleukin-1 receptor antagonist, and a heterozygous variant in DNASE2 (p.G322D) in a Spanish patient with a suspected lupus-like monogenic disorder. We also found variants likely to increase the susceptibility to autoinflammatory diseases in three additional Spanish patients: one with an initial diagnosis of juvenile idiopathic arthritis who carries two heterozygous UNC13D variants (p.R727Q and p.A59T), and two with early-onset inflammatory bowel disease harbouring NOD2 variants (p.L221R and p.A728V respectively). Our results show a similar proportion of molecular diagnosis to other studies using whole exome or targeted resequencing in primary immunodeficiencies. Thus, despite its main limitation of not including all candidate genes, clinical exome targeted sequencing can be an appropriate approach to detect likely causative variants in autoinflammatory diseases.

تشخیص ژنتیکی بیماران مبتلا به بیماری‌های خود التهابی با استفاده از تعیین توالی اگزومه بالینی

نکات برجسته اگزین بالینی یک ابزار مناسب برای تشخیص ژنتیکی بیماری‌های خود التهابی است. * متغیرهای ژنتیکی که به عنوان عوامل مستعد کننده بیماری عمل می‌کنند را می توان با رویکرد اگزومه بالینی شناسایی کرد. تعیین توالی هدفمند در عمق بالا اجازه تشخیص تنوع ژنتیکی جسمی را می‌دهد. عدم واکنش بیماری‌های التهابی شامل طیف گسترده‌ای از سندرم‌های ناشی از عدم تنظیم پاسخ ایمنی ذاتی است. تشخیص آن‌ها به دلیل ناهمگونی فنوتیپی و قابلیت بیان متغیر دشوار است. بنابراین، منشا ژنتیکی بیماری برای بخش مهمی از بیماران تعیین نشده باقی می‌ماند. هدف ما شناسایی انواع ژنتیکی علی در بیماران مشکوک به بیماری خود التهابی و آزمایش مزایا و محدودیت‌های پانل‌های ژن exome بالینی برای تشخیص مولکولی است. بیست و دو بیمار غیر مرتبط با ویژگی‌های بالینی بیماری‌های خود التهابی با استفاده از تعیین توالی اگزومه بالینی (حدود ۴۸۰۰ ژن)، و به دنبال آن تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک برای تشخیص انواع بیماری زا مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. با یکپارچه‌سازی اطلاعات ژنتیکی و بالینی، ما یک نوع ژنتیکی هتروزیگوس سببی احتمالی را در NFKBIA یافتیم (p. D۳۱N)در یک بیمار آفریقای شمالی با یک تصویر بالینی شبیه به کمبود آنتاگونیست گیرنده اینترلوکین ۱، و یک نوع هتروزیگوس در DNASE۲ (p. G۳۲۲D)در یک بیمار اسپانیایی با یک اختلال تک ژنی شبیه لوپوس. ما همچنین انواع مختلفی از احتمال افزایش حساسیت به بیماری‌های خود التهابی را در سه بیمار اضافی اسپانیایی یافتیم: یکی با تشخیص اولیه آرتریت ایدیوپاتیک جوانان که دو نوع هتروزیگوس UNC۱۳D دارد (p. R۷۲۷Q و p. A۵۹T)، و دو مورد با بیماری التهابی اولیه روده که به انواع NOD۲ پناه می‌دهد (p. L۲۲۱R و p. A۷۲۸V). نتایج ما، نسبت مشابهی از تشخیص مولکولی را با سایر مطالعات با استفاده از exome کامل یا تعیین مجدد هدف در نقص‌های ایمنی اولیه نشان می‌دهد. بنابراین، با وجود محدودیت اصلی که شامل همه ژن‌های کاندید نمی‌شود، توالی یابی هدف خروجی بالینی می‌تواند یک روش مناسب برای تشخیص انواع علی احتمالی در بیماری‌های خود التهابی باشد.
ترجمه شده با


پر ارجاع‌ترین مقالات مرتبط:

  • مقاله General Medicine
  • ترجمه مقاله General Medicine
  • مقاله طب عمومی
  • ترجمه مقاله طب عمومی
  • مقاله Genetics
  • ترجمه مقاله Genetics
  • مقاله ژنتیک
  • ترجمه مقاله ژنتیک
  • مقاله Genetics(clinical)
  • ترجمه مقاله Genetics(clinical)
  • مقاله ژنتیک (بالینی)
  • ترجمه مقاله ژنتیک (بالینی)
سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.