view in publisher's site

Next-generation sequencing reveals alternative L-DOPA decarboxylase (DDC) splice variants bearing novel exons, in human hepatocellular and lung cancer cells

Highlights•We discovered 7 novel exons of the human DDC gene.•10 alternative DDC transcripts were characterized using NGS and nested PCR.•These DDC splice variants are expressed in hepatocellular and lung cancer cells.•3 out of the 10 novel transcripts are likely to encode new protein isoforms.•7 new transcripts are non-coding, as they have premature translation stop codons.AbstractThe human L-DOPA decarboxylase (DDC) is an enzyme that displays a pivotal role in metabolic processes. It is implicated in various human disorders, including hepatocellular and lung cancer. Several splice variants of DDC have previously been described, most of which encode for protein isoforms of this enzyme. In the present study, we used next-generation sequencing (NGS) technology along with nested touchdown PCR and Sanger sequencing to identify new splice variants bearing novel exons of the DDC gene, in hepatocellular and lung cancer cell lines. Using an in-house-developed algorithm, we discovered seven novel DDC exons. Next, we determined the structure of ten novel DDC transcripts, three of which contain an open reading frame (ORF) and probably encode for three previously unknown protein isoforms of this enzyme. Future studies should focus on the elucidation of their role in cellular physiology and cancer pathobiology.

تعیین توالی نسل بعدی، دی کربوکسیلاز (DDC)جایگزین آل - DOPA را که دارای اگزون های جدید است در سلول‌های سرطان ریه و کبد انسان نشان می‌دهد.

نقاط برجسته ما ۷ اگزون جدید از ژن DDC انسان را کشف کردیم. رونوشت‌های DDC جایگزین با استفاده از NGS و PCR آشیانه‌ای مشخص شدند. این گونه‌های اسپلایس DDC در سلول‌های سرطان کبد و ریه بیان می‌شوند. ۳ از ۱۰ رونوشت‌های جدید احتمالا ایزوفرم های پروتئینی جدید را کد می‌کنند. ۷ رونوشت‌های جدید بدون کدگذاری هستند، زیرا آن‌ها دارای توقف ترجمه زودرس codons.Abtst هستند. آل - DOPA دی کربوکسیلاز انسان (DDC)آنزیمی است که نقش محوری را در فرآیندهای متابولیک نشان می‌دهد. این بیماری در اختلالات مختلف انسانی از جمله سرطان کبد و ریه نقش دارد. چندین نوع اسپلایس از DDC قبلا توصیف شده‌اند که بیشتر آن‌ها ایزوفرم های پروتئینی این آنزیم را کد می‌کنند. در مطالعه حاضر، ما از تکنولوژی تعیین توالی نسل بعدی (NGS)به همراه PCR تاپ‌داون آشیانه‌ای و تعیین توالی اسفار برای شناسایی انواع جدید اسپلایری حاوی اگزون های جدید ژن DDC، در رده‌های سلولی سرطان کبد و ریه استفاده کردیم. با استفاده از یک الگوریتم داخلی، ما هفت اگزون جدید DDC را کشف کردیم. سپس، ما ساختار ده رونوشت‌های DDC جدید را تعیین کردیم، که سه تای آن‌ها حاوی یک چارچوب خواندن باز (ORF)هستند و احتمالا برای سه ایزوفرم پروتئینی ناشناخته این آنزیم کدگذاری می‌شوند. مطالعات آتی باید بر روشن سازی نقش آن‌ها در فیزیولوژی سلولی و پاتوبیولوژی سرطان تمرکز کنند.
ترجمه شده با


پر ارجاع‌ترین مقالات مرتبط:

  • مقاله General Medicine
  • ترجمه مقاله General Medicine
  • مقاله طب عمومی
  • ترجمه مقاله طب عمومی
  • مقاله Genetics
  • ترجمه مقاله Genetics
  • مقاله ژنتیک
  • ترجمه مقاله ژنتیک
سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.