view in publisher's site

Verification of miRNAs in ginseng decoction by high-throughput sequencing and quantitative real-time PCR

Panax ginseng C. A. Meyer is a precious traditional Chinese medicine that has been clinically used for over thousands of years. In general, ginseng needs to be prepared to ginseng decoction before taking it. MicroRNAs are a class of small (18–24 nt), single-stranded molecules that regulate gene expression at the post-transcriptional level. Considering that ginseng miRNAs may be bioactive compounds, we used Illumina high-throughput sequencing and quantitative real-time PCR (qRT-PCR) to validate the existence of miRNAs in fresh ginseng decoction which have been boiled at high temperature. Our previous studies have demonstrated that there are several miRNAs in fresh ginseng. The roots of fresh Panax ginseng were prepared according to routine methods, from which miRNAs were extracted and sequenced. A total of 43 miRNAs were identified from water decoction by Illumina high-throughput sequencing, belonging to 71 miRNA families. The target genes of these miRNAs were predicted by sequencing, and were annotated by GO, KEGG and Nr databases. The functions of these target genes mainly included plant hormone signal transduction, transcription regulation, macromolecular metabolism and auxin signaling. Nine highly expressed miRNAs (miR159, miR167, miR396, miR166, miR168, miR156, miR165, miR162 and miR394) were verified by qRT-PCR, and the results of Illumina high-throughput sequencing and qRT-PCR were consistent. Results from this study indicate that miRNAs remained stable in P. ginseng after high-temperature boiling. Additionally, Illumina high-throughput sequencing was superior in the acquisition of higher amount of small RNAs.

تایید miRNA ها در کاهش بیان با توالی بالا و PCR کمی زمان واقعی

پانکس گینسنگ C. الف. میر یک داروی سنتی ارزشمند چینی است که بیش از هزاران سال است که به صورت بالینی مورد استفاده قرار می‌گیرد. به طور کلی، پاک کردن باید قبل از گرفتن آن برای پاک کردن آماده شود. میکرو RNA ها دسته‌ای از مولکول‌های کوچک (۱۸ - ۲۴ نوکلئوتید)و تک‌رشته‌ای هستند که بیان ژن را در سطح پس از رونویسی تنظیم می‌کنند. با توجه به اینکه miRNA های جین سینگ ممکن است ترکیبات زیست فعال باشند، ما از تعیین توالی با توان بالا و PCR کمی زمان واقعی (qRT - PCR)برای تایید وجود miRNA ها در دی اکسیون جدید جین سینگ که در دمای بالا پخته شده‌اند، استفاده کردیم. مطالعات قبلی ما نشان داده‌است که چندین miRNA در جینسینگ جدید وجود دارد. ریشه‌های پنج گونه جدید با توجه به روش‌های معمول تهیه شدند که از آن‌ها miRNA ها استخراج و ردیف یابی شدند. در مجموع ۴۳ miRNA از کاهش آب توسط توالی بالای Illumina، متعلق به ۷۱ خانواده miRNA شناسایی شدند. ژن‌های هدف این miRNA ها با توالی یابی پیش‌بینی شدند و با پایگاه‌های داده GO، KEGG و Nr تفسیر شدند. وظایف این ژن‌های هدف عمدتا شامل انتقال سیگنال هورمون گیاهی، تنظیم رونویسی، متابولیسم ماکرومولکولی و علامت دهی اکسین بود. ۹ miRNA بسیار بیان‌شده (miR۱۵۹، miR۱۶۷، miR۳۹۶، miR۱۶۶، miR۱۶۸، miR۱۵۶، miR۱۶۵، miR۱۶۲ و miR۳۹۴)توسط qRT - PCR تایید شدند و نتایج توالی بالای Illina و qRT - PCR سازگار بودند. نتایج حاصل از این مطالعه نشان می‌دهد که miRNA ها در P. جینسینگ پس از جوش در دمای بالا مشاهده شد. علاوه بر این، توالی بالای Illumina در کسب مقدار بیشتری از RNA های کوچک برتر بود.
ترجمه شده با

سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

95/12/18 - با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس و کروم٬ چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.