view in publisher's site

Extracellular vesicles from Heligmosomoides bakeri and Trichuris muris contain distinct microRNA families and small RNAs that could underpin different functions in the host

Highlights•Many small RNAs in extracellular vesicles (EVs) from diverse nematodes derive from intergenic and repetitive elements.•The parasite microRNA (miRNA) content of EVs is consistent across multiple EV isolation protocols and laboratories.•Trichuris muris and Heligmosomoides bakeri EVs contain distinct parasite miRNA family members.•Trichuris muris EVs purified across different laboratories consistently contain more mouse miRNAs than H. bakeri.•Comparisons of helminth EV cargos could help identify sRNAs involved in cross-species communication and niche specificity.AbstractExtracellular vesicles (EVs) have emerged as a ubiquitous component of helminth excretory-secretory products that can deliver parasite molecules to host cells to elicit immunomodulatory effects. RNAs are one type of cargo molecule that can underpin EV functions, hence there is extensive interest in characterising the RNAs that are present in EVs from different helminth species. Here we outline methods for identifying all of the small RNAs (sRNA) in helminth EVs and address how different methodologies may influence the sRNAs detected. We show that different EV purification methods introduce relatively little variation in the sRNAs that are detected, and that different RNA library preparation methods yielded larger differences. We compared the EV sRNAs in the gastrointestinal nematode Heligmosomoides bakeri with those in EVs from the distantly related gastrointestinal nematode Trichuris muris, and found that many of the sRNAs in both organisms derive from repetitive elements or intergenic regions. However, only in H. bakeri do these RNAs contain a 5′ triphosphate, and Guanine (G) starting nucleotide, consistent with their biogenesis by RNA-dependent RNA polymerases (RdRPs). Distinct microRNA (miRNA) families are carried in EVs from each parasite, with H. bakeri EVs specific for miR-71, miR-49, miR-63, miR-259 and miR-240 gene families, and T. muris EVs specific for miR-1, miR-1822 and miR-252, and enriched for miR-59, miR-72 and miR-44 families, with the miR-9, miR-10, miR-80 and let-7 families abundant in both. We found a larger proportion of miRNA reads derive from the mouse host in T. muris EVs, compared with H. bakeri EVs. Our report underscores potential biases in the sRNAs sequenced based on library preparation methods, suggests specific nematode lineages have evolved distinct sRNA synthesis/export pathways, and highlights specific differences in EV miRNAs from H. bakeri and T. muris that may underpin functional adaptation to their host niches.Graphical abstractDownload : Download high-res image (106KB)Download : Download full-size image

وزیکول‌های خارج سلولی از Heligmosomoides baeri و Trichoris muris حاوی خانواده‌های مشخص microRNA و RNA های کوچک هستند که می‌توانند عملکردهای مختلف در میزبان را زیر بنای خود قرار دهند.

نکات برجسته بسیاری از RNA های کوچک در وزیکول های خارج سلولی (EVs)از نماتودهای مختلف از عناصر بین ژنی و تکراری مشتق می‌شوند. * محتوای microRNA انگل (miRNA)از EVs در پروتکل‌ها و آزمایشگاه‌های جداسازی چندگانه EV سازگار است. * Trichoris muris و Heligmosomoides baeri EVs حاوی اعضای خانواده miRNA انگل مجزا هستند. * Trichoris muris EV ها در سراسر آزمایشگاه‌های مختلف به طور مداوم حاوی miRNA های موش بیشتری نسبت به H. در این تحقیق اثر متقابل رقم * محیط کشت بر صفات مورد بررسی در سطح احتمال ۱ % مورد بررسی قرار گرفت. * مقایسه کارگوس های EV کرمی می‌تواند به شناسایی sRNA های دخیل در ارتباطات بین گونه‌ای و ویژگی موقعیت یابی کمک کند. وزیکول های خارج سلولی (EVs)به عنوان یک جز حاضر در همه جا حاضر از محصولات دفعی - ترشحی کرم ظاهر شده‌اند که می‌توانند مولکول‌های انگل را به سلول‌های میزبان منتقل کنند تا اثرات ایمونومدولاتوری را نشان دهند. RNA ها یکی از انواع مولکول کالا هستند که می‌توانند زیر بنای عملکردهای EV باشند، بنابراین علاقه زیادی به مشخص کردن RNA هایی که در EVs از گونه‌های مختلف کرم وجود دارند، وجود دارد. در اینجا ما روش‌هایی را برای شناسایی همه RNA های کوچک (sRNA)در EV های کرمی طرح می‌کنیم و نشان می‌دهیم که چگونه روش‌های مختلف ممکن است بر sRNA های شناسایی‌شده تاثیر بگذارند. ما نشان می‌دهیم که روش‌های مختلف خالص‌سازی EV تنوع نسبتا کمی را در sRNA هایی که شناسایی شده‌اند معرفی می‌کنند، و اینکه روش‌های مختلف آماده‌سازی کتابخانه RNA تفاوت‌های بیشتری را ایجاد می‌کنند. ما EV sRNA ها را در نماتودهای دستگاه گوارش Heligmosomoides بریتانیا با آن‌هایی که در EV ها از نماتودهای دستگاه گوارش دوردست Trichoris muris هستند مقایسه کردیم و دریافتیم که بسیاری از sRNA ها در هر دو موجود زنده از عناصر تکراری یا مناطق بین ژنی مشتق می‌شوند. با این حال، تنها در H. باکری این RNA ها را انجام می‌دهد که حاوی ۵ ' تری فسفات است و گوانین (G)نوکلئوتید را آغاز می‌کند که با زیست زایی آن‌ها توسط پلیمرازهای RNA وابسته به RNA (RdRPs)سازگار است. خانواده‌های microRNA متمایز (miRNA)در EVs از هر انگل با H. این ویژگی برای خانواده‌های ژنی miR - ۷۱، miR - ۴۹، miR - ۶۳، miR - ۲۵۹ و miR - ۲۴۰ و T. muris EVs خاص miR - ۱، miR - ۱۸۲۲ و miR - ۲۵۲ است و برای خانواده‌های miR - ۵۹، miR - ۷۲ و miR - ۴۴ با miR - ۹، miR - ۱۰، miR - ۸۰ و let - ۷ غنی شده‌است. ما متوجه شدیم که بخش بزرگتری از خواندن miRNA از میزبان موش در T. muris EVs در مقایسه با H. (باکری ایوانز). گزارش ما بر اریبی های بالقوه در sRNA ها که براساس روش‌های آماده‌سازی کتابخانه تعیین توالی شده‌اند، تاکید می‌کند و نشان می‌دهد که دودمان‌های خاص نماتودها در مسیرهای سنتز / صادرات sRNA متمایز تکامل‌یافته اند و تفاوت‌های خاص در EV miRNA ها از H. بکری و تی. * دانلود تصویر: دانلود تصویر با کیفیت بالا (۱۰۶ KB)دانلود: دانلود تصویر با کیفیت کامل
ترجمه شده با

Download PDF سفارش ترجمه این مقاله این مقاله را خودتان با کمک ترجمه کنید
سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.