view in publisher's site

Insights into the structural features and stability of peptide nucleic acid with a D-prolyl-2-aminocyclopentane carboxylic acid backbone that binds to DNA and RNA

Highlights•The acpcPNA strand does not greatly alter DNA or RNA conformation after the binding.•Structure of acpcPNA binding to DNA resembles B-DNA structure.•Structure of acpcPNA binding to RNA resembles A-RNA structure.•The acpcPNA-DNA duplex is more stable than the acpcPNA-RNA duplex.AbstractPeptide nucleic acid (PNA) is a powerful biomolecule with a wide variety of important applications. In this work, the molecular structures and binding affinity of PNA with a D-prolyl-2-aminocyclopentane carboxylic acid backbone (acpcPNA) that binds to both DNA and RNA were studied using molecular dynamics simulations. The simulated structures of acpcPNA-DNA and acpcPNA-RNA duplexes more closely resembled the typical structures of B-DNA and A-RNA than the corresponding duplexes of aegPNA. The calculated binding free energies are in good agreement with the experimental results that the acpcPNA-DNA duplex is more stable than the acpcPNA-RNA duplex regardless of the base sequences. The results provide further insights in the relationship between structure and stability of this unique PNA system.Graphical abstractDownload : Download high-res image (208KB)Download : Download full-size image

بینش‌هایی در ویژگی‌های ساختاری و پایداری اسید نوکلییک پپتید با اسید کربوکسیلیک اسید - prolyl - ۲ - aminocyclopentane اسیده‌ای کربوکسیلیک اسید که به DNA و RNA متصل می‌شود.

نکات برجسته: رشته acpcPNA پس از پیوند، ساختار DNA یا آران‌ای را به شدت تغییر نمی‌دهد. ساختار اتصال acpcPNA به DNA شبیه ساختار B - DNA است. ساختار پیوند acpcPNA به RNA مانند ساختار RNA - آران‌ای است. The - DNA more از the - RNA ractPeptide acid acid (PNA)یک biomolecule قدرتمند با طیف گسترده‌ای از کاربردهای مهم است. در این کار، ساختار مولکولی و پیوستگی اتصال با PNA با یک اسید کربوکسیلیک acid - ۲ - aminocyclopentane کربوکسیلیک (acpcPNA)که هم به DNA و هم RNA پیوند خورده‌است، با استفاده از شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی مورد مطالعه قرار گرفت. ساختارهای شبیه‌سازی شده DNA - DNA و RNA - RNA بیشتر شبیه ساختارهای معمول B - DNA و A - RNA از the متناظر of هستند. انرژی‌های آزاد شده محاسبه‌شده در تطابق خوبی با نتایج تجربی هستند که the - DNA more از the - آران‌ای بدون در نظر گرفتن دنباله‌های باز، پایدار است. نتایج شواهد بیشتری در رابطه بین ساختار و پایداری این ساختار منحصر به فرد PNA فراهم می‌کند: تصویر high (۲۰۸ کیلوبایت)بارگیری: تصویر با اندازه کامل دانلود کنید.
ترجمه شده با

Download PDF سفارش ترجمه این مقاله این مقاله را خودتان با کمک ترجمه کنید
سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

95/12/18 - با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس و کروم٬ چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.