view in publisher's site

Identification and analyses of natural compounds as potential inhibitors of TRAF6-Basigin interactions in melanoma using structure-based virtual screening and molecular dynamics simulations

Highlights•High throughput screening of library.•Molecular dynamics simulations of complexes.•Drug design against melanoma.AbstractThe interaction of the proteins, tumor necrosis factor receptor-associated factor6 (TRAF6) and Basigin (CD147), is known to be associated with the over-expression of matrix metalloproteinases (MMPs) in melanoma cells. MMPs are known to be responsible for melanoma metastasis. Hence, the TRAF6-Basigin complex can act as a potential therapeutic target. In previous studies, amino acid residues Lys340, Lys 384, Glu417 and Glu511 of TRAF6 were identified as the most vital residues on the basis of their contributions to interaction energy, relative solvent accessibility and electrostatic interactions in the TRAF6-Basigin protein-protein interaction (PPI) scheme. In our current work, we performed structure-based virtual screenings of some natural compounds obtained from ZINC database (n = 14509) to search for molecules which can act as inhibitors against the formation of TRAF6-Basigin complex. Three potential inhibitors were identified which were observed to make intermolecular interactions with Lys384 and Glu511 of TRAF6. Molecular dynamics simulation results suggested the substantial pharmacological importance of the ligand molecules as it was observed that there was total destabilization of TRAF6-Basigin complex upon binding of the molecule ZINC02578057. From our studies, we could conclude that the ligands termed as ZINC49048033, ZINC02578057 and ZINC72320240 could have great potentials to act as inhibitors to prevent melanoma metastasis.Graphical abstractDownload high-res image (292KB)Download full-size image

شناسایی و تجزیه و تحلیل ترکیبات طبیعی به عنوان مهار کننده‌های بالقوه برهمکنش‌های TRAF۶ - Basigin در melanoma با استفاده از شبیه‌سازی مجازی مبتنی بر ساختار و دینامیک مولکولی

کاره‌ای مهم و خروجی با توان خروجی بالا کتابخانه. شبیه‌سازی حرکات مولکولی of. طراحی دارو در برابر برهمکنش proteins ractThe پروتیین‌ها، نکروز تومور وابسته به تومور (TRAF۶)و Basigin (CD۱۴۷)، با بیان بیش از حد ماتریس metalloproteinases (MMPs)در سلول‌های ملانوما (melanoma)مرتبط است. MMPs مشهور به سرطان پوست هستند. از این رو، مجتمع TRAF۶ - Basigin می‌تواند به عنوان یک هدف درمانی بالقوه عمل کند. در مطالعات قبلی، باقی مانده‌های اسید آمینه Lys۳۴۰، Lys ۳۸۴، Glu۴۱۷ و Glu۵۱۱ of به عنوان the باقی مانده بر پایه contributions به انرژی برهمکنش، دسترسی حلال نسبی و فعل و انفعالات الکترواستاتیک در الگوی برهمکنش پروتیین - پروتیین - Basigin شناسایی شدند. در کار فعلی ما، screenings مجازی مبتنی بر ساختار از برخی ترکیبات طبیعی بدست‌آمده از پایگاه اطلاعاتی zinc (n = ۱۴۵۰۹)را برای جستجوی مولکول‌هایی که می‌توانند به عنوان مهار علیه تشکیل کمپلکس TRAF۶ - Basigin عمل کنند، انجام دادیم. سه مهار بالقوه شناسایی شدند که مشاهده شد که برهمکنش‌های بین مولکولی با Lys۳۸۴ و Glu۵۱۱ of TRAF۶ را تشکیل می‌دهند. نتایج شبیه‌سازی حرکات مولکولی، اهمیت دارویی قابل‌توجه مولکول‌های لیگاند را نشان داد، زیرا مشاهده شد که هر گونه بی‌ثباتی در ترکیب TRAF۶ - Basigin در پیوند مولکول ZINC۰۲۵۷۸۰۵۷ وجود دارد. از مطالعات ما می‌توانیم نتیجه بگیریم که لیگاند های معروف به ZINC۴۹۰۴۸۰۳۳، ZINC۰۲۵۷۸۰۵۷ و ZINC۷۲۳۲۰۲۴۰ می‌توانند دارای پتانسیل بالایی برای عمل به عنوان مهار کننده برای جلوگیری از سرطان پوست (۲۹۲ KB)تصویر با اندازه بالا (۲۹۲ KB)باشند.
ترجمه شده با

Download PDF سفارش ترجمه این مقاله این مقاله را خودتان با کمک ترجمه کنید
سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.