view in publisher's site

Combining metagenomics and metatranscriptomics to study human, animal and environmental resistomes

Highlights•The continually increased antibiotic resistance of bacteria attracts worldwide attention.•Exploring the human, animal and environmental antibiotic resistome greatly deepens our understanding of the origin, evolution and dissemination of antibiotic resistance.•Metagenomic investigation of the antibiotic resistome reveals tremendous ARGs presented in host-associated and natural environments, however, the activity of these genes in specific niches cannot be accessed by just interrogating the gene content.•Combining the Metagenomics and Metatranscriptomics will find its way into future studies in profiling antibiotic resistome.AbstractAntibiotic resistance (AR) is a grim and very common phenomenon around the world, posing a significant threat to public health and food safety. The emergence of multi-drug and even pan-resistant strains carrying novel antibiotic resistance genes (ARGs) and insufficient development of new antibiotics are the major reasons that limit the choice of antibiotics for treating bacterial infections. Because of the heavy use of antibiotics in human medicine and animal husbandry, human and animal guts and farm environments now constitute reservoirs for antibiotic-resistant pathogens and ARGs. ARGs can circulate in humans, animals, and their associated environments in many ways, leading to a wide dissemination and spread of AR. Characterizing the collective ARGs (resistome) in host-associated and natural environments will deepen our understanding of the origin, evolution and transmission of ARGs. As many microbes cannot be cultivated in the laboratory, culture-independent strategies are urgent needed to explore the resistomes in living and nonliving environments. With the development of high-throughput sequencing technologies, metagenomics and metatranscriptomics are becoming important tools for characterizing microbiomes as well as resistomes. Here, we summarize the research progress and future directions for combining metagenomics and metatranscriptomics to study human, animal and environmental resistomes.

ترکیب metagenomics و metatranscriptomics برای مطالعه resistomes انسان، حیوانات و محیط‌زیست

کاره‌ای مهم * افزایش مداوم مقاومت در برابر آنتی‌بیوتیک‌ها، توجه جهانی را به خود جلب می‌کند. بررسی رفتار انسان، حیوان و محیط‌زیست به شدت درک ما از اصل، تکامل و انتشار مقاومت antibiotic را عمیق‌تر می‌کند. بررسی Metagenomic آنتی‌بیوتیک antibiotic نشان می‌دهد که ARGs عظیمی که در محیط‌های طبیعی و مرتبط با میزبان ارایه می‌شوند، با این حال، فعالیت این ژن‌ها در niches خاص را نمی توان تنها با بازجویی از محتوای ژن در دسترس قرار داد. * ترکیب the و Metatranscriptomics راه خود را در مطالعات آینده در resistance profiling antibiotic ractAntibiotic (AR)پیدا خواهد کرد که پدیده‌ای بسیار رایج در سراسر جهان است که تهدیدی جدی برای سلامت عمومی و امنیت غذایی است. ظهور گونه‌های مقاوم در برابر دارو و حتی مقاوم در برابر مواد مقاوم در برابر آنتی‌بیوتیک (ARGs)و توسعه ناکافی آنتی‌بیوتیک‌های جدید، دلایل اصلی برای محدود کردن انتخاب آنتی‌بیوتیک‌ها برای درمان عفونت‌های باکتریایی است. به دلیل استفاده شدید از آنتی‌بیوتیک‌ها در طب انسان و دامداری، قلب انسان و حیوانات و محیط‌های کشت و پرورش حیوانات، مخازن برای پاتوژن ها و ARGs مقاوم در برابر آنتی‌بیوتیک را تشکیل می‌دهند. ARGs می‌تواند در انسان‌ها، حیوانات و محیط‌های مرتبط با آن‌ها در بسیاری از روش‌ها توزیع کند که منجر به انتشار گسترده و گسترش حقوق حیوانات می‌شود. ایجاد the جمعی در محیط‌های میزبان و وابسته به میزبان، درک ما از مبدا، تکامل و انتقال ARGs را عمیق‌تر خواهد کرد. از آنجا که بسیاری از میکروب‌ها نمی‌توانند در آزمایشگاه پرورش داده شوند، استراتژی‌های مستقل فرهنگ برای کاوش در محیط‌های زنده و nonliving ضروری هستند. با توسعه فن‌آوری‌های متنوع سازی زنجیره توان عملیاتی، metagenomics و metatranscriptomics به ابزارهای مهمی برای توصیف microbiomes و نیز resistomes تبدیل می‌شوند. در اینجا، ما پیشرفت تحقیق و دستورالعمل‌های آینده را برای ترکیب metagenomics و metatranscriptomics برای مطالعه resistomes انسانی، حیوانی و محیطی خلاصه می‌کنیم.

ترجمه شده با

Download PDF سفارش ترجمه این مقاله این مقاله را خودتان با کمک ترجمه کنید
سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

95/12/18 - با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس و کروم٬ چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.