view in publisher's site

Analysis of codon usage patterns and influencing factors in rice tungro bacilliform virus

Highlights•The codon usage bias of RTBV is relatively low.•Mutation and natural selection pressures have equally contributed to this low codon usage bias.•RTBV shows mutation bias and prefers A and U ended codons to code amino acids.•Codon usage patterns of RTBV were found to be influenced by its host.AbstractRice tungro bacilliform virus (RTBV) belongs to genus Tungrovirus within the family Caulimoviridae harbors circular double-stranded DNA (dsDNA). Rice tungro disease (RTD) caused by RTBV, responsible for severe rice yield losses in South and Southeast Asia. Here, we performed a systematic evolutionary and codon usage bias (CUB) analysis of RTBV genome sequences. We analysed different bioinformatics techniques to calculate the nucleotide compositions, the relative synonymous codon usage (RSCU), and other indices. The results indicated slightly or low codon usage bias in RTBV isolates. Mutation and natural selection pressures have equally contributed to this low codon usage bias. Additionally, multiple factors such as host, geographical distribution also affect codon usage patterns in RTBV genomes. RSCU analysis revealed that RTBV shows mutation bias and prefers A and U ended codons to code amino acids. Codon usage patterns of RTBV were also found to be influenced by its host. This indicates that RTBV have evolved codon usage patterns that are specific to its host. The findings from this study are expected to increase our understanding of factors leading to viral evolution and fitness with respect to hosts and the environment.

تحلیل الگوهای مصرف کدون و عوامل موثر بر آن در ویروس تنگو باسیلی شکل برنج

نکات برجسته * انحراف استفاده از کدون RTBV نسبتا پایین است. جهش و فشارهای انتخاب طبیعی به طور مساوی به این انحراف استفاده از کدون کم کمک کرده‌اند. * RTBV بایاس جهش را نشان می‌دهد و کدونهای انتها به انتها و A را به اسیده‌ای آمینه کد ترجیح می‌دهد. الگوهای مصرف کودون RTBV یافت شد که تحت‌تاثیر ویروس تنگباسیلیفرم (RTBV)میزبان آن قرار دارد. ویروس تنگباسیلیفرم (RTBV)متعلق به جنوس تیونگروویروس در خانواده کولیموویدور ویروس دو رشته‌ای حلقوی DNA (dsDNA)است. بیماری تونگرو برنج (RTD)ناشی از RTBV، مسئول کاهش شدید عملکرد برنج در جنوب و جنوب شرقی آسیا است. در اینجا، ما یک تحلیل سیستماتیک تکاملی و انحراف استفاده از کدون (CUB)از توالی‌های ژنوم RTBV انجام دادیم. ما تکنیک‌های بیوانفورماتیک مختلفی را برای محاسبه ترکیبات نوکلئوتیدی، کاربرد کدون مترادف نسبی (RSCU)، و دیگر شاخص‌ها تحلیل کردیم. نتایج نشان داد که در ایزوله‌های RTBV، انحراف استفاده از کدون کم یا اندکی وجود دارد. جهش و فشارهای انتخاب طبیعی به طور مساوی به این انحراف استفاده از کدون کم کمک کرده‌اند. علاوه بر این، عوامل متعددی مانند میزبان، توزیع جغرافیایی نیز بر الگوهای استفاده از کدون در ژنوم RTBV تاثیر می‌گذارد. آنالیز RSCU نشان داد که RTBV انحراف جهش را نشان می‌دهد و کدونهای انتها به انتها و A را به اسیده‌ای آمینه کد ترجیح می‌دهد. الگوهای مصرف کودون RTBV نیز توسط میزبان تحت‌تاثیر قرار گرفت. این نشان می‌دهد که RTBV الگوهای استفاده از کدون را تکامل داده‌است که مختص میزبان آن است. انتظار می‌رود یافته‌های این مطالعه درک ما از عوامل منجر به تکامل ویروسی و تناسب اندام با توجه به میزبان‌ها و محیط را افزایش دهد.
ترجمه شده با

Download PDF سفارش ترجمه این مقاله این مقاله را خودتان با کمک ترجمه کنید
سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.