view in publisher's site

Impact of IS1111 insertion on the MLVA genotyping of Coxiella burnetii

Q fever epidemiological investigations of the likely sources of contamination may involve Coxiella burnetii MLVA for direct and rapid typing from clinical samples. However, little information is available with regards to PCR amplification failures in C. burnetii MLVA typing. This paper focuses on difficulties encountered with MLVA loci that may impact the interpretation of MLVA data and shows that some loci may constitute hotspots for mutational events.MLVA genotyping, using 17 different loci, was used on vaginal swabs (VS) from clinically infected animals as described elsewhere (Chmielewski et al., 2009). Amplicons of interest were sequenced and identified using the BLAST software by comparison with sequences available in GenBank.All VS samples produced MLVA patterns. However, amplification failures or unexpected sizes amplicons (>to 1.5 kbp), making the interpretation of MLVA complicated, were also observed. Sequencing of these amplicons revealed the presence of IS1111 element insertion.In this C. burnetii MLVA study some difficulties encountered with genotyping are highlighted and the role of IS1111 element in genome plasticity is confirmed. Finally, the need for the selection of a set of VNTRs for an efficient MLVA scheme and the question of standardization and harmonization for comparable MLVA typing data are raised again.

تاثیر وارد کردن IS۱۱۱۱ بر ژنوتیپ MLVA از Cکسیلا بورنتی

بررسی اپیدمیولوژیک تب Q از منابع احتمالی آلودگی ممکن است شامل Cکسیلا بورنتی MLVA برای تایپ مستقیم و سریع از نمونه‌های بالینی باشد. با این حال، اطلاعات کمی در مورد شکست‌های تقویت PCR در C وجود دارد. burnetii MLVA. این مقاله بر مشکلاتی که با لوکوس MLVA مواجه می‌شود تمرکز می‌کند که ممکن است تفسیر داده‌های MLVA را تحت‌تاثیر قرار دهد و نشان می‌دهد که برخی از لوکوس ها ممکن است نقاط مهمی برای رویداده‌ای جهش ایجاد کنند. ژنوتیپ MLVA، با استفاده از ۱۷ لوکوس مختلف، بر روی سوآب واژن (VS)حیوانات مبتلا به عفونت بالینی که در جاه‌ای دیگر توضیح داده شد، استفاده شد (Chmielewski و همکاران، ۲۰۰۹). تمام نمونه‌های VS الگوهای MLVA را تولید کردند. با این حال، عدم موفقیت تکثیر یا اندازه‌های غیر منتظره آمپلیکون ها (که تفسیر MLVA را پیچیده می‌سازد)نیز مشاهده شد. ترتیب توالی این آمپلیکون ها وجود عنصر IS۱۱۱۱ را نشان می‌دهد. burnetii MLVA برخی مشکلات مربوط به ژنوتایپ را بررسی می‌کند و نقش عنصر IS۱۱۱۱ در پلاستیسیته ژنوم تایید می‌شود. در نهایت، نیاز به انتخاب مجموعه‌ای از VNTR ها برای یک طرح MLVA کارآمد و مساله استانداردسازی و هماهنگ‌سازی برای داده‌های تایپ MLVA قابل‌مقایسه دوباره مطرح می‌شود.
ترجمه شده با

سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

95/12/18 - با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس و کروم٬ چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.