view in publisher's site

HRM analysis of chloroplast and mitochondrial DNA revealed additional genetic variability in Prunus

Highlights•Molecular characterization of 22 genotypes belonging to 10 Prunus species.•Analysis of predicted and newly discovered SNPs and SSRs chloroplastic and mitochondrial markers.•Higher discrimination power using HRM.•The analysis of nine loci allowed to identify two indels, 37 SNPs and three repeat motif variation.•Data represent the first overview of cytoplasmic markers using HRM.AbstractThe genus Prunus taxonomy has been widely studied using different molecular markers. Among the several markers used for studying the genetic variability on Prunus, extranuclear DNA analysis is a useful tool for population and evolutionary biology studies. High resolution melting (HRM), considered a powerful method to easily detect genetic differences among sequences, was used to analyse a group of 22 genotypes belonging to 10 Prunus species using twelve newly designed chloroplastic single nucleotide variants (SNVs), ten chloroplastic SSRs, and seven universal mitochondrial markers already available in literature. The analysis allowed the investigation of the predicted and newly discovered SNVs and the detection of more alleles because of the variability found in the sequences flanking cpSSR repeat motifs. Overall, five newly discovered chloroplastic markers, four cpSSRs, and three mitochondrial markers, referring to nine loci, allowed the identification of two indels, 37 SNVs, and three repeat motif variation. The results allowed the unambiguous separation of Prunus genotypes at the species as well as at the cultivar level, confirming the discrimination power of the HRM derived markers and previous results on the phylogenetic relationships within the Prunus genus. The developed panel of SNVs and SSR cytoplasmic markers can be employed to identify different varieties and hybrids using the HRM approach without the requirement of the post-PCR procedures required in traditional molecular markers analysis.

تجزیه و تحلیل HRM از chloroplast و DNA میتوکندری، تغییرپذیری ژنتیکی اضافی را در Prunus نشان داد.

نکات برجسته * توصیف مولکولی ۲۲ genotypes متعلق به ۱۰ گونه Prunus. تجزیه و تحلیل عوامل پیش‌بینی‌شده و تازه کشف‌شده مربوط به chloroplastic و مارکرهای میتوکندریایی. * قدرت تبعیض بالاتر با استفاده از HRM. تجزیه و تحلیل نه مکان مجاز به شناسایی دو indels، ۳۷ مربوط به SNPs و سه تغییر نقش و نگار تکرار شد. داده‌ها اولین نمای کلی از مارکرهای سیتوپلاسمی را با استفاده از genus ractThe genus Prunus نشان می‌دهد که به طور گسترده با استفاده از مارکرهای مولکولی متفاوت مطالعه شده‌است. از جمله چندین شاخص مورد استفاده برای مطالعه تغییرپذیری ژنتیکی در Prunus، آنالیز DNA extranuclear ابزاری مفید برای مطالعات زیست‌شناسی تکاملی و تکاملی است. تجزیه و تحلیل گران تفکیک پذیری بالا (HRM)که یک روش قدرتمند برای تشخیص آسان تفاوت‌های ژنتیکی بین توالی‌ها در نظر گرفته شده‌است، برای تحلیل گروهی از ۲۲ گونه Prunus که با استفاده از دوازده نوع نوکلیوتیدی تازه طراحی‌شده SNVs، ده chloroplastic، و هفت مارکر میتوکندری فراگیر موجود در نوشتجات مورد استفاده قرار می‌گیرد. این تجزیه و تحلیل به بررسی SNVs کشف‌شده و کشف تازه کشف‌شده و تشخیص of های بیشتر به دلیل تغییرپذیری که در توالی در flanking و موتیف های تکرار شونده وجود دارد، اجازه داد. به طور کلی پنج مارکر chloroplastic کشف‌شده، چهار cpSSRs، و سه مارکر میتوکندری، با اشاره به نه مکان هندسی، امکان شناسایی دو indels، ۳۷ SNVs و سه تغییر نقش و نگار تکرار شونده را فراهم می‌کند. نتایج با تایید قدرت تفکیک نشانگرهای برگرفته از HRM و نتایج قبلی در روابط فیلوژنتیکی در سرده cultivar، امکان جداسازی آشکار of genotypes در گونه‌ها را فراهم می‌آورد. پانل توسعه‌یافته of و مارکر سیتوپلاسمی SSR می‌تواند برای شناسایی انواع مختلف و هیبریدی با استفاده از رویکرد HRM بدون نیاز به دستورالعمل‌های پس از PCR مورد نیاز در آنالیز مارکرهای مولکولی سنتی بکار رود.
ترجمه شده با

سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.