view in publisher's site

Photocontrolling Protein–Peptide Interactions: From Minimal Perturbation to Complete Unbinding

An azobenzene-derived photoswitch has been covalently cross-linked to two sites of the S-peptide in the RNase S complex in a manner that the α-helical content of the S-peptide reduces upon cis-to-trans isomerization of the photoswitch. Three complementary experimental techniques have been employed, isothermal titration calorimetry, circular dichroism spectroscopy and intrinsic tyrosine fluorescence quenching, to determine the binding affinity of the S-peptide to the S-protein in the two states of the photoswitch. Five mutants with the photoswitch attached to different sites of the S-peptide have been explored, with the goal to maximize the change in binding affinity upon photoswitching, and to identify the mechanisms that determine the binding affinity. With regard to the first goal, one mutant has been identified, which binds with reasonable affinity in the one state of the photoswitch, while specific binding is completely switched off in the other state. With regard to the second goal, accompanying molecular dynamics simulations combined with a quantitative structure activity relationship revealed that the α-helicity of the S-peptide in the binding pocket correlates surprisingly well with measured dissociation constants. Moreover, the simulations show that both configurations of all S-peptides exhibit quite well-defined structures, even in apparently disordered states.

Photocontrolling تعاملات پروتیین - پروتیین: از perturbation کم تا unbinding کامل

یک photoswitch مشتق‌شده از azobenzene به طور کووالانسی به دو جایگاه از S - پپتید در مجموعه RNase S متصل شده‌است که مقدار α - helical این پپتید S به isomerization سیس - به ترانس of کاهش می‌یابد. سه روش تجربی مکمل برای تعیین اتصال اتصال S - پپتید به پروتئین S در دو حالت of بکار رفته‌است. پنج جهش با the متصل به جایگاه‌های مختلف پپتید S مورد بررسی قرار گرفته‌اند، با هدف به حداکثر رساندن تغییر در میل اتصال به photoswitching و شناسایی مکانیزم‌هایی که اتصال اتصال را مشخص می‌کنند. با توجه به هدف اول، یک جهش‌یافته مشخص شده‌است، که با قرابت منطقی در یک حالت of پیوند دارد، در حالی که اتصال اختصاصی کاملا در حالت دیگر خاموش می‌شود. با توجه به هدف دوم، همراه با شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی ترکیب‌شده با یک رابطه فعالیت ساختار کمی آشکار شد که α - helicity از پپتید S در جیب پیوندی به طرز شگفت انگیزی با ثابت‌های جداسازی اندازه‌گیری شده همبستگی دارد. علاوه بر این، شبیه‌سازی‌ها نشان می‌دهند که هر دو پیکربندی کل پپتید S ساختارهای کاملا مشخصی را نشان می‌دهند، حتی در حالت‌های ظاهرا بی‌نظم.

ترجمه شده با

Download PDF سفارش ترجمه این مقاله این مقاله را خودتان با کمک ترجمه کنید
سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

95/12/18 - با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس و کروم٬ چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.