view in publisher's site

Missing strings of residues in protein crystal structures

A large fraction of the protein crystal structures deposited in the Protein Data Bank are incomplete, since the position of one or more residues is not reported, despite these residues are part of the material that was analyzed. This may bias the use of the protein crystal structures by molecular biologists. Here we observe that in the large majority of the protein crystal structures strings of residues are missing. Polar residues incline to occur in missing strings together with glycine, while apolar and aromatic residues tend to avoid them. Particularly flexible residues, as shown by their extremely high B-factors, by their exposure to the solvent and by their secondary structures, flank the missing strings. These data should be a helpful guideline for crystallographers that encounter regions of flat and uninterpretable electron density as well as end-users of crystal structures.

Missing از باقی مانده در ساختارهای بلوری پروتئین

بخش بزرگی از ساختارهای بلوری پروتئین که در بانک اطلاعات پروتئین ذخیره شده‌اند، ناقص هستند، زیرا موقعیت یک یا چند باقی مانده گزارش نشده است، با وجود این باقیمانده این باقی مانده، بخشی از موادی هستند که مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته‌اند. این امر ممکن است استفاده از ساختارهای کریستالی پروتیین توسط زیست شناسان مولکولی را تحت‌تاثیر قرار دهد. در اینجا ما مشاهده می‌کنیم که در اکثریت بزرگ ساختارهای بلوری پروتئین، strings باقی می‌ماند. در حالی که apolar و باقی مانده آروماتیک تمایل دارند از آن‌ها دوری کنند، باقی مانده‌های قطبی متمایل به رخ دادن با گلیسین، در حالی که apolar و باقی مانده آروماتیک تمایل دارند از آن‌ها دوری کنند. به ویژه پسماندهای انعطاف‌پذیر، همانطور که توسط عوامل شدیدا بالای B نشان داده می‌شود، با قرار گرفتن آن‌ها در برابر حلال و توسط ساختارهای ثانویه شان، the را پهلو به پهلو قرار می‌دهند. این داده‌ها باید راهنمای مفیدی برای crystallographers باشند که با مناطق چگالی الکترون مسطح و غیر یکنواخت و همچنین کاربران نهایی ساختارهای بلوری برخورد می‌کنند.

ترجمه شده با

Download PDF سفارش ترجمه این مقاله این مقاله را خودتان با کمک ترجمه کنید
سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

95/12/18 - با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس و کروم٬ چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.