view in publisher's site

CRISPR-DT: designing gRNAs for the CRISPR-Cpf1 system with improved target efficiency and specificity

Abstract Motivation The Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)-Cpf1 system has been successfully applied in genome editing. However, target efficiency of the CRISPR-Cpf1 system varies among different guide RNA (gRNA) sequences. Results In this study, we reanalyzed the published CRISPR-Cpf1 gRNAs data and found many sequence and structural features related to their target efficiency. With the aid of Random Forest in feature selection, a support vector machine model was created to predict target efficiency for any given gRNAs. We have developed the first CRISPR-Cpf1 web service application, CRISPR-DT (CRISPR DNA Targeting), to help users design optimal gRNAs for the CRISPR-Cpf1 system by considering both target efficiency and specificity. CRISPR-DT will empower researchers in genome editing. Availability and implementation CRISPR-DT, mainly implemented in Perl, PHP and JavaScript, is freely available at http://bioinfolab.miamioh.edu/CRISPR-DT. Supplementary information Supplementary data are available at Bioinformatics online.

سی پی آی - دی تی: طراحی gRNA ها برای سیستم سی آر آی اس - سی پی اف با کارایی و ویژگی هدف بهبود یافته

آزوز jats: عنوان مقاله کوتاه خلاصه / خلاصه: داوری / داوری: عنوان آزوز jats: بخش دوم فرصت‌های شغلی: عنوان "تغییر انگیزه" / "تغییر روحیه": عنوان نقاط عطف: سیستم Cpf۱ به طور موفقیت‌آمیز در ویرایش ژنوم به کار گرفته شده‌است. با این حال، کارایی هدف سیستم CRPR - Cpf۱ در میان توالی‌های مختلف RNA (gRNA)راهنمای متفاوت متفاوت است. نوکلوز / جوز: پی. آزوز / jats: اتصال فوری آزوز jats: بخش دوم جمهوری خواهان: عنوان نتایج ضعیف / شکست در بازی: شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی، شکست در بازی. نقاط قوت: در این مطالعه، ما داده‌های منتشر شده CRir - Cpf۱ را مورد تجزیه و تحلیل مجدد قرار دادیم و توالی و ویژگی‌های ساختاری بسیاری را در ارتباط با کارایی هدف آن‌ها یافتیم. با کمک جنگل تصادفی در انتخاب ویژگی، یک مدل ماشین بردار پشتیبان ایجاد شد تا کارایی هدف را برای هر GRNA های داده‌شده پیش‌بینی کند. برای کمک به کاربران در طراحی gRNA های بهینه برای سیستم CRPR - Cpf۱ با در نظر گرفتن هر دو کارایی و ویژگی هدف، ما اولین برنامه کاربردی سرویس وب Cpf۱ را ایجاد کرده‌ایم. سی آر آی اس - دی تی به محققان در ویرایش ژنوم کمک خواهد کرد. نوکلوز / جوز: پی. آزوز / jats: اتصال فوری آزوز jats: بخش دوم آگهی‌های خالی کردن کالا: در دسترس بودن عنوان و پیاده‌سازی … جمهوری خواهان: سی‌آرسی اینترسرویس - دی تی، که به طور عمده در پرل، PHP و جاوااسکریپت اجرا می‌شود، به صورت رایگان در آدرس http://bioinfolab.miamioh/CRISPR-DT.مسیریابی / jatsssiفولیاب در دسترس است. آزوز / jats: اتصال فوری آزوز jats: بخش دوم ۲۹. ۹. کلمات کلیدی: اطلاعات تکمیلی در بیوانفورماتیک آنلاین در دسترس هستند. نوکلوز / جوز: پی. آزوز / jats: اتصال فوری
ترجمه شده با


پر ارجاع‌ترین مقالات مرتبط:

  • مقاله Computer Science Applications
  • ترجمه مقاله Computer Science Applications
  • مقاله کاربردهای علوم کامپیوتر
  • ترجمه مقاله کاربردهای علوم کامپیوتر
  • مقاله Computational Mathematics
  • ترجمه مقاله Computational Mathematics
  • مقاله ریاضیات محاسباتی
  • ترجمه مقاله ریاضیات محاسباتی
  • مقاله Molecular Biology
  • ترجمه مقاله Molecular Biology
  • مقاله زیست‌شناسی مولکولی
  • ترجمه مقاله زیست‌شناسی مولکولی
  • مقاله Biochemistry
  • ترجمه مقاله Biochemistry
  • مقاله بیوشیمی
  • ترجمه مقاله بیوشیمی
  • مقاله Computational Theory and Mathematics
  • ترجمه مقاله Computational Theory and Mathematics
  • مقاله نظریه محاسباتی و ریاضیات
  • ترجمه مقاله نظریه محاسباتی و ریاضیات
  • مقاله Statistics and Probability
  • ترجمه مقاله Statistics and Probability
  • مقاله آمار و احتمال
  • ترجمه مقاله آمار و احتمال
سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

95/12/18 - با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس و کروم٬ چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.