view in publisher's site
- خانه
- لیست مقالات
- چکیده
aphid: an R package for analysis with profile hidden Markov models
Abstract
Summary
Hidden Markov models (HMMs) and profile HMMs form an integral part of biological sequence analysis, supporting an ever-growing list of applications. The aphid R package can be used to derive, train, plot, import and export HMMs and profile HMMs in the R environment. Computationally-intensive dynamic programing recursions, such as the Viterbi, forward and backward algorithms are implemented in C++ and parallelized for increased speed and efficiency.
Availability and implementation
The aphid package is released under the GPL-3 license, and is freely available for download from CRAN and GitHub (https://github.com/shaunpwilkinson/aphid).
Supplementary information
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
شته: یک بسته R برای تحلیل با مدل‌های مارکوف پنهان
< jats: عنوان > چکیده < / jats: عنوان >
< jats: sec
< jats: عنوان > خلاصه < / jats: عنوان >
< jats: p > مدل‌های مارکوف پنهان (hmms)و پروفایل های پروفایل یک بخش جدایی‌ناپذیر از آنالیز زنجیره زیستی را تشکیل می‌دهند، که از یک فهرست پیوسته در حال رشد پشتیبانی می‌کنند. بسته R شته می‌تواند برای به دست آوردن، آموزش، طرح، واردات و صادرات hmms و hmms پروفیل در محیط R مورد استفاده قرار گیرد. Computationally - recursions - intensive پویا، مانند the، جلو و عقب، در C + + و parallelized برای افزایش سرعت و کارایی پیاده‌سازی می‌شوند. < / jats: p >
< / jats: sec
< jats: sec
< jats: عنوان در دسترس بودن و پیاده‌سازی < / jats: عنوان >
< jats: بسته aphid تحت مجوز جی‌پی‌ال منتشر شده‌است و آزادانه برای دانلود از CRAN و GitHub (https://github.com/shaunpwilkinson/aphid).</jats:p>)موجود است.
< / jats: sec
< jats: sec
< jats: عنوان مکمل اطلاعات تکمیلی < / jats: عنوان >
< jats: اطلاعات تکمیلی در بیوانفورماتیک online در دسترس هستند. < / jats: p >
< / jats: sec
ترجمه شده با 
- مقاله Computational Mathematics
- ترجمه مقاله Computational Mathematics
- مقاله ریاضیات محاسباتی
- ترجمه مقاله ریاضیات محاسباتی
- مقاله Computer Science Applications
- ترجمه مقاله Computer Science Applications
- مقاله کاربردهای علوم کامپیوتر
- ترجمه مقاله کاربردهای علوم کامپیوتر
- مقاله Biochemistry
- ترجمه مقاله Biochemistry
- مقاله بیوشیمی
- ترجمه مقاله بیوشیمی
- مقاله Molecular Biology
- ترجمه مقاله Molecular Biology
- مقاله زیست‌شناسی مولکولی
- ترجمه مقاله زیست‌شناسی مولکولی
- مقاله Statistics and Probability
- ترجمه مقاله Statistics and Probability
- مقاله آمار و احتمال
- ترجمه مقاله آمار و احتمال
- مقاله Computational Theory and Mathematics
- ترجمه مقاله Computational Theory and Mathematics
- مقاله نظریه محاسباتی و ریاضیات
- ترجمه مقاله نظریه محاسباتی و ریاضیات
ترجمه کنید