view in publisher's site

aphid: an R package for analysis with profile hidden Markov models

Abstract Summary Hidden Markov models (HMMs) and profile HMMs form an integral part of biological sequence analysis, supporting an ever-growing list of applications. The aphid R package can be used to derive, train, plot, import and export HMMs and profile HMMs in the R environment. Computationally-intensive dynamic programing recursions, such as the Viterbi, forward and backward algorithms are implemented in C++ and parallelized for increased speed and efficiency. Availability and implementation The aphid package is released under the GPL-3 license, and is freely available for download from CRAN and GitHub (https://github.com/shaunpwilkinson/aphid). Supplementary information Supplementary data are available at Bioinformatics online.

شته: یک بسته R برای تحلیل با مدل‌های مارکوف پنهان

< jats: عنوان > چکیده < / jats: عنوان > < jats: sec < jats: عنوان > خلاصه < / jats: عنوان > < jats: p > مدل‌های مارکوف پنهان (hmms)و پروفایل های پروفایل یک بخش جدایی‌ناپذیر از آنالیز زنجیره زیستی را تشکیل می‌دهند، که از یک فهرست پیوسته در حال رشد پشتیبانی می‌کنند. بسته R شته می‌تواند برای به دست آوردن، آموزش، طرح، واردات و صادرات hmms و hmms پروفیل در محیط R مورد استفاده قرار گیرد. Computationally - recursions - intensive پویا، مانند the، جلو و عقب، در C + + و parallelized برای افزایش سرعت و کارایی پیاده‌سازی می‌شوند. < / jats: p > < / jats: sec < jats: sec < jats: عنوان در دسترس بودن و پیاده‌سازی < / jats: عنوان > < jats: بسته aphid تحت مجوز جی‌پی‌ال منتشر شده‌است و آزادانه برای دانلود از CRAN و GitHub (https://github.com/shaunpwilkinson/aphid).</jats:p>)موجود است. < / jats: sec < jats: sec < jats: عنوان مکمل اطلاعات تکمیلی < / jats: عنوان > < jats: اطلاعات تکمیلی در بیوانفورماتیک online در دسترس هستند. < / jats: p > < / jats: sec
ترجمه شده با


پر ارجاع‌ترین مقالات مرتبط:

  • مقاله Computational Mathematics
  • ترجمه مقاله Computational Mathematics
  • مقاله ریاضیات محاسباتی
  • ترجمه مقاله ریاضیات محاسباتی
  • مقاله Computer Science Applications
  • ترجمه مقاله Computer Science Applications
  • مقاله کاربردهای علوم کامپیوتر
  • ترجمه مقاله کاربردهای علوم کامپیوتر
  • مقاله Biochemistry
  • ترجمه مقاله Biochemistry
  • مقاله بیوشیمی
  • ترجمه مقاله بیوشیمی
  • مقاله Molecular Biology
  • ترجمه مقاله Molecular Biology
  • مقاله زیست‌شناسی مولکولی
  • ترجمه مقاله زیست‌شناسی مولکولی
  • مقاله Statistics and Probability
  • ترجمه مقاله Statistics and Probability
  • مقاله آمار و احتمال
  • ترجمه مقاله آمار و احتمال
  • مقاله Computational Theory and Mathematics
  • ترجمه مقاله Computational Theory and Mathematics
  • مقاله نظریه محاسباتی و ریاضیات
  • ترجمه مقاله نظریه محاسباتی و ریاضیات
سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.