view in publisher's site

Microsatellite High-Resolution Melting (SSR-HRM) to Track Olive Genotypes: From Field to Olive Oil

Abstract Abstract The need to support food labelling has driven to the development of PCR‐based techniques suitable for food analysis. DNA‐based markers have been successfully employed for varietal tracing in Protected Designation of Origin (PDO) olive oils. In this study, we report a fast, sensitive, and easy‐to‐use strategy for PDO olive varietal identification. To achieve this aim four different DNA extraction methods were tested and compared, based on initial volume, extraction time, the gDNA concentration, and quality ratios. The optimized DNA extraction protocol from extra virgin olive oils, based on CTAB–hexane–chloroform extraction, proved to be the most effective. High‐resolution melting (HRM) DNA assay was developed based on nuclear microsatellites (gSSR) and plastid DNA (cpDNA) aiming an accurate identification of the olive varieties present in the olive oil samples. After PCR reproducibility evaluation, six molecular markers: three SSRs and three cpDNA loci were chosen based on their discrimination power. The SSR‐HRM strategy assays were designed to target UDO99‐011, UDO99‐039, UDO99‐024, and ssrOeUA‐DCA16 loci. All SSR‐PCR products generated from these primers were analyzed by capillary electrophoresis (CE) for HRM data validation. The SSR coupled with HRM melting curve analysis generated 14 HRM profiles sufficient to genotype all varieties, highlighting their potential use for varietal discrimination. The locus ssrOeUA‐DCA16 generated a specific melting curve that allow a high‐throughput discrimination of the Picual and Cobrançosa varieties in olive oil samples. Further, the UDO99‐024 was also tested by SSR‐HRM assay in commercial olive oil samples with promising results. Considering time, cost, and performance SSR‐HRM proved to be a reliable method suitable for varietal tracing of olive oils. Practical Application Olive oil authenticity is a form of protecting producers and consumers against fraudulent practices. Herein, we present a DNA barcode suitable for the identification of olive varieties, allowing an accurate identification of the olive varieties in olive oil samples using SSR‐HRM assay. Its applicability in commercial olive oil samples is viable. This methodology can be used as a tool for Extra Virgin Olive Oil (EVOO) adulterations detection.

Microsatellite آب شدن بالا (SSR - HRM)برای ردیابی زیتون Olive: از میدان گرفته تا زیتون Oil

چکیده چکیده نیاز به پشتیبانی از برچسب گذاری مواد غذایی به توسعه تکنیک‌های مبتنی بر PCR مناسب برای تحلیل مواد غذایی منجر شده‌است. نشانگرهای مبتنی بر DNA برای ردیابی varietal در روغن زیتون منشا (pdo)با موفقیت به کار گرفته شده‌اند. در این مطالعه، ما یک استراتژی سریع، حساس و آسان برای شناسایی varietal زیتون را گزارش می‌کنیم. برای رسیدن به این هدف چهار روش مختلف استخراج DNA آزمایش و مقایسه شدند، براساس حجم اولیه، زمان استخراج، غلظت gDNA و نسبت‌های کیفیت. پروتکل استخراج DNA بهینه از روغن‌های زیتون بکر اضافی مبتنی بر استخراج CTAB - هگزان - کلروفورم بسیار موثرتر است. سنجش DNA با رزولوشن بالا (HRM)مبتنی بر میکروساتلیت های هسته‌ای (gSSR)و DNA plastid (cpdna)با هدف شناسایی دقیق انواع زیتون موجود در نمونه‌های روغن زیتون طراحی شد. پس از ارزیابی تکرارپذیری PCR، ۶ مارکر مولکولی: سه SSRs و سه جایگاه cpdna براساس قدرت discrimination انتخاب شدند. سنجش استراتژی HRM - HRM برای هدف قرار دادن جایگاه‌های UDO۹۹ - ۰۱۱، UDO۹۹ - ۰۳۹، UDO۹۹ - ۰۲۴ و ssrOeUA - DCA۱۶ طراحی شده‌است. تمامی محصولات SSR - PCR تولید شده از این پرایمرها با استفاده از الکتروفورز مویینگی (CE)برای اعتبار سنجی داده‌های HRM آنالیز شدند. SSR با تحلیل منحنی ذوب منابع انسانی همراه با تجزیه و تحلیل منحنی ذوب توسط HRM، ۱۴ پروفایل HRM را برای ژنوتیپ تمام گونه‌ها ایجاد کرد و کاربرد بالقوه آن‌ها برای تبعیض نژادی را برجسته نمود. لوکوس ssrOeUA - DCA۱۶ یک منحنی ذوب ویژه ایجاد کرد که امکان تمایز بالا - خروجی ارقام picual و Cobrancosa را در نمونه‌های روغن زیتون فراهم می‌کند. علاوه بر این، UDO۹۹ - ۰۲۴ نیز با استفاده از سنجش SSR - HRM در نمونه‌های روغن زیتون تجاری با نتایج امیدوار کننده مورد آزمایش قرار گرفت. با توجه به زمان، هزینه، و عملکرد مدیریت منابع انسانی SSR روش قابل اعتمادی برای ردیابی روغن زیتون بود. کاربرد عملی صحت روغن زیتون نوعی محافظت از تولیدکنندگان و مصرف کنندگان در برابر اعمال متقلبانه می‌باشد. Herein، ما یک بارکد ژنتیکی مناسب برای شناسایی واریته‌های زیتون ارائه می‌کنیم که امکان شناسایی ارقام زیتون در نمونه‌های روغن زیتون را با استفاده از روش SSR - HRM میسر می‌سازد. کاربرد آن در نمونه‌های روغن زیتون تجاری قابل دوام است. این روش را می توان به عنوان ابزاری برای تشخیص adulterations زیتون اضافی (EVOO)به کار برد.
ترجمه شده با

Download PDF سفارش ترجمه این مقاله این مقاله را خودتان با کمک ترجمه کنید
سفارش ترجمه مقاله و کتاب - شروع کنید

95/12/18 - با استفاده از افزونه دانلود فایرفاکس و کروم٬ چکیده مقالات به صورت خودکار تشخیص داده شده و دکمه دانلود فری‌پیپر در صفحه چکیده نمایش داده می شود.