Molecular phylogeny and diversity of penaeid shrimps (Crustacea: Decapoda) from South‐East Asian waters

Abstract The decapod family Penaeidae comprises most of the economically important marine shrimp species. Its members are widespread throughout the world, with its highest species diversity centred in the Indo‐West Pacific region. Despite this importance, their taxonomy, classification and phylogeny are not yet settled due in part to incongruence among hypotheses proposed from molecular versus morphological studies. In this study, using a thorough taxonomic sampling of especially the South‐East Asian species, we aim to (a) utilize a reconstructed phylogeny to test the monophyly of the Penaeidae and its currently recognized genera and (b) explore its species diversity in South‐East Asian waters. To infer the phylogeny, a combined gene data set (including 109 ingroup and six outgroup taxa) of mitochondrial genes, COI and 16S rRNA, and two nuclear genes, NaK and PEPCK, was utilized. To explore its diversity, another data set that included 371 COI gene sequences (231 newly generated and 140 retrieved from public sources) was compiled and subsequently analysed with two different tools (ABGD and bPTP) for species delimitation. Other than supporting the non‐monophyly of the Penaeidae with the Sicyoniidae nested within the penaeid tribe Trachypenaeini, the genera Penaeus, Mierspenaeopsis and Parapenaeopsis were also revealed to be polyphyletic. Our species delimitation analysis inferred that 94 putative species actually existed within the 71 morphospecies reviewed, indicating an underestimated biodiversity in this family and the potential presence of new species within the following morphospecies: Kishinouyepenaeopsis cornuta, K. incisa, Mierspenaeopsis sculptilis, M hardwicki, Parapenaeopsis coromandelica and Penaeus monodon.

فیلوژنی مولکولی و تنوع گونه‌ای میگوهای پنائید (کلرا آ: ده‌پایان)در آب‌های آسیای جنوب شرقی

چکیده خانواده کدوتنبل (penaeidae)شامل بیشتر گونه‌های میگو دریایی مهم از نظر اقتصادی هستند. اعضای آن در سراسر جهان گسترده هستند و بیش‌ترین تنوع گونه‌ای آن در منطقه اقیانوس آرام داخلی - غربی قرار دارد. با وجود این اهمیت، رده‌بندی، طبقه‌بندی و فیلوژنی آن‌ها تا حدی به دلیل ناهم خوانی میان فرضیه‌های پیشنهاد شده از مطالعات مولکولی در مقابل مورفولوژیکی، حل و فصل نشده است. در این مطالعه، با استفاده از نمونه‌برداری تاکسونومیک از گونه‌های آسیای جنوب شرقی، قصد داریم (a)از یک فیلوژنی بازسازی‌شده برای آزمایش مونوفیلی خانواده پنایده و جنس‌های شناخته‌شده فعلی آن استفاده کنیم و (b)تنوع گونه‌ای آن را در آب‌های آسیای جنوب شرقی کشف کنیم. برای پی بردن به فیلوژنی، مجموعه داده‌های ژنی ترکیبی (شامل ۱۰۹ ingroup و شش تاکسون خارجی)از ژن‌های میتوکندریایی، COI و ۱۶ S rRNA، و دو ژن هسته‌ای، NaK و PEPCK استفاده شد. برای بررسی تنوع آن، مجموعه داده دیگری که شامل ۳۷۱ توالی ژن COI (۲۳۱ تازه تولید شده و ۱۴۰ بازیابی شده از منابع عمومی)بود جمع‌آوری و سپس با دو ابزار مختلف (ABGD و bPTP)برای تعیین حدود گونه‌ها آنالیز شد. علاوه بر حمایت از غیر تک تبار بودن خانواده پنایده با لانه سیسیلینیده در قبیله پنائید Trachypenaeini، جنس‌های پنایوس، میرسپنائوپسیس و پاراپنائوپسیس نیز چند تبار تشخیص داده شدند. آنالیز تعیین حدود گونه‌های ما نشان داد که ۹۴ گونه احتمالی واقعا در ۷۱ گونه ریخت شناختی بررسی شده وجود دارند که نشان‌دهنده تنوع زیستی کم‌تر در این خانواده و حضور بالقوه گونه‌های جدید در ریخت شناسی زیر است: کیشینوویپنایوپسیس کورنوتا، ک. اینسیسا، میرسپنائوپسیس، سیرفورکئی، پاراپنائوپسیس، کوروماندلکا و پنائوس مونودون.

ترجمه شده با